如何對二代測序數據進(jìn)行質(zhì)量分析？

如何對二代測序數據進(jìn)行質(zhì)量分析？

從事生物信息學(xué)分析的學(xué)生和工作人員都會(huì )接觸到二代測序數據，我們從測序公司拿到所需要的數據之后，首先最關(guān)心的問(wèn)題就是測序數據的質(zhì)量好不好，本文介紹一下如何對二代測序數據進(jìn)行質(zhì)量分析(QC)

工具/原料

linux系統：ubuntu 或者 服務(wù)

fastqc

方法/步驟

1

安裝fastqc

注意將fastqc加入到系統環(huán)境變量中，以便于在終端或命令行中直接運行

具體安裝方法參考fastqc官方手冊

2

在命令行中直接運行命令

fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file]

output dir指的是輸出結果路徑

extract參數指的是輸出結果是否解壓

-f 參數 是輸入文件的格式，指的是測序數據

3

運行fastqc：

fastqc seqfile1.fq seqfile2.fq

4

輸出結果：在output dir目錄下的一個(gè)壓縮文件(未壓縮)

通常我們只需關(guān)注如下幾個(gè)結果

1 每個(gè)位置的堿基測序質(zhì)量。通常我們一般認為從第二個(gè)堿基開(kāi)始，平均每個(gè)堿基的測序質(zhì)量boxplot下四分位線(xiàn)在30分以上，則認為測序質(zhì)量非常好

5

2.每條序列的測序質(zhì)量 一般認為90%的reads測序質(zhì)量在35分以上，則認為該測序質(zhì)量非常好

6

3. ATCG堿基在各個(gè)位置上的分布 一般來(lái)說(shuō)，AT含量高于CG含量，AT含量約28%，CG含量約22%。由于測序問(wèn)題，通常第一二位置的堿基測序質(zhì)量比較低，ATCG含量也不正常。這種情況不影響數據質(zhì)量，如果實(shí)在介意，可在后續bowtie mapping的時(shí)候將前兩個(gè)堿基去掉

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